Dvojica pilotov "strieborných šípov" pôvodne obsadila na štartovom rošte druhý rad za 3. a 4. najrýchlejší čas, no po penalizácii sa zosunuli každý o päť pozícii. Fínsky jazdec tak do nedeľňajšej VC na okruhu v Sepangu odštartuje z 8. miesta, Brit Hamilton sa dokonca posunie až do 5. radu na 9. pozíciu.

Po ukončení kvalifikácie sa predovšetkým Nick Hiedfeld z BMW Sauber sťažoval na to, že duo z McLarenu mu ich pomalou jazdou neumožnilo dosiahnuť najrýchlejší možný čas, čo ho podľa jeho vlastných slov pripravilo o minimálne dve desatiny sekundy a tým aj 3. pozíciu na štarte. Komisári FIA napokon rozhodli, že obmedzovaný bol aj Fernando Alonso na Renaulte.
"Monopostu číslo 3 (Heidfeld, pozn.) prekážalo počas jeho kvalifikačnej jazdy

auto číslo 22 (Hamilton), ktoré išlo v ideálnej stope príliš pomaly. Monopostom číslo 3 a 5 (Alonso) prekážalo vozidlo číslo 23 (Kovalainen), ktoré malo tiež veľmi malú rýchlosť," uvádza sa v oficiálnom vyhlásení traťových komisárov.

Kvalifikácia sa stala korisťou jazdcov Ferrari: pole position si vybojoval Brazílčan Felipe Massa pred svojím tímovým kolegom a úradujúcim majstrom sveta Kimi Räikkönenom.

Aktualizované postavenie na štartovom rošte na VC Malajzie v Sepangu po penalizácii jazdcov McLarenu:
1. rad: 1. Felipe Massa (Braz.) Ferrari, 2. Kimi Räikkönen (Fín.) Ferrari
2. rad: 3. Jarno Trulli (Tal.) Toyota, 4. Robert Kubica (Poľ.) BMW Sauber
3. rad: 5. Nick Heidfeld (Nem.) BMW Sauber, 6. Mark Webber (Austr.) Red Bull
4. rad: 7. Fernando Alonso (Šp.) Renault, 8. Heikki Kovalainen (Fín.) McLaren
5. rad: 9. Lewis Hamilton (V. Brit.) McLaren, 10. Timo Glock (Nem.) Toyota
6. rad: 11. Jenson Button (V. Brit.) Honda, 12. David Coulthard (V. Brit.) Red Bull
7. rad: 13. Nelson Piquet ml. (Braz.) Renault, 14. Rubens Barrichello (Br.) Honda
8. rad: 15. Sebastian Vettel (Nem.) Toro Rosso, 16. Nico Rosberg (Nem.) Williams
9. rad: 17. Giancarlo Fisichella (Tal.) Force India, 18. Sebastién Bourdais (Fr.) Toro Rosso
10. rad: 19. Takuma Sato (Jap.) Super Aguri, 20. Adrian Sutil (Nem.) Force India
11. rad: 21. Anthony Davidson (V. Brit.) Super Aguri, 22. Kazuki Nakadžima (Jap.) Williams