Bratislavský samosprávny kraj (BSK) v rámci pripomienkového konania požiadal zaradiť do programu ďalšie investície na jeho území v záujme čiastočnej eliminácie zaťaženosti cestnej siete. Oproti navrhovanej výške finančných prostriedkov pre ostatné územie SR považuje zdroje pre vlastný kraj za poddimenzované. BSK pritom poukázal na to, že ani operačné programy Bratislavský kraj a Doprava nepočítajú s peniazmi na výstavbu a údržbu cestnej siete na území kraja. Rezort dopravy ako predkladateľ matriálu na rokovanie vlády odmietol výhradu s tým, že úroveň HDP na obyvateľa v BSK presahuje 75 % priemeru Európskej únie.

So svojou pripomienkou neuspel ani Nitriansky samosprávny kraj (NSK). Plánované investície do rozvoja ciest prvej triedy na svojom území označil za neodôvodnenú diskrimináciu. Za prioritu v kraji považuje vybudovanie prepojenia z diaľnice D1 po trase Hlohovec - Nitra - Nové Zámky - Komárno k štátnej hranici s Maďarskom. Podľa NSK by to umožnilo napojenie budovaných priemyselných parkov v Nitre a prispelo k ďalšiemu hospodárskemu rozvoju a zvýšeniu bezpečnosti cestnej premávky. Za dôležité označil aj stavbu preložky cesty prvej triedy č. 64 Nitra - Topoľčany a prestavbu tzv. cesty smrti z Nitry do Hronského Beňadika. Rezort dopravy konštatoval, že v súčasnosti sa spracováva technická štúdia.



Predkladateľ programu rovnako reagoval aj na požiadavku Trenčianskeho samosprávneho kraja (TSK) na stavbu obchvatu Trenčína medzi cestami k štátnej hranici Českej republiky a smerom na Žilinu. Podľa TSK je potrebné riešiť zosuv na ceste v Trenčianskych Miticiach už tento rok a nie až budúci, ako predpokladá program. Podľa ministerstva dopravy kontrakt so Slovenskou správou ciest na rok 2007 je už uzavretý a uvedená stavba bude zaradená do kontraktu podľa harmonogramu.

Najviac pripomienok k programu, a to osem zásadných, mal Košický samosprávny kraj (KSK). Rezort dopravy ich takisto neakceptoval, ale vo všetkých prípadoch rozpor odstránili na spoločnom rokovaní. KSK napríklad žiadal zohľadniť medzi prioritami nielen intenzitu a predimenzovanosť ciest, ale aj stav komunikácií, ako aj prepracovanie analýzy kritických nehodových lokalít. Rovnako žiadal aj prehodnotenie a presunutie zdrojov na realizáciu investičných akcií z iných krajov na stavby v Košickom kraji.

Na výstavbu a rekonštrukciu ciest 1. triedy na Slovensku v dĺžke 110 kilometrov by malo byť do roku 2010 vynaložených celkovo 17,865 mld. Sk. Z prostriedkov Európskeho fondu regionálneho rozvoja (ERDF) by malo na tieto účely pripadnúť takmer 6,102 mld. Sk a zo štátneho rozpočtu 11,763 mld. Sk. Táto suma pritom zahŕňa aj štátne spolufinancovanie projektov podporovaných z európskych zdrojov. Finančné krytie programu vychádza z operačného programu Doprava na roky 2007 až 2013. Uvedený program počíta do roku 2010 s vybudovaním 23 kilometrov nových ciest 1. triedy, s rekonštrukciou 59 kilometrov, realizáciou 11 kilometrov preložiek ciest, vybudovaním 13 kilometrov obchvatov miest a obcí a odstránením štyroch kilometrov havarijných úsekov. Opravených má byť aj 28 mostov. K zvýšeniu bezpečnosti a zjazdnosti by mala prispieť rekonštrukcia 18 križovatiek, ako aj 16 bezpečnostných opatrení. Ministerstvo dopravy považuje pri cestách 1. triedy za najdôležitejšie údržbu a periodické opravy, ktoré boli v posledných rokoch úplne zanedbané. Na cestách 1. triedy sa totiž realizovali len lokálne cyklické opravy s minimálnou životnosťou.